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对于现代水利工程建设而言，生态设计的重要性毋庸置疑，面对社会发展对水利工程建设提出的生态保护、可持续发展等要求和挑战，如果保障水利工程的生态设计是社会各界较关注的问题。因此，水利工程建设需要以满足社会发展要求为前提，应用科学的、可行的生态设计方法，保护生物的繁衍生活，有效维护生态环境平衡。
1.分析并计算水文过程
在当前的水利工程设计中，人们对于生态水文设计的运用并不多，这是因为从事现代水利工程设计工作和从事生态水文工作的人员属于不同的领域，导致水利工程设计通常都与实际情况脱离。生态水利工程的服务对象很广泛，主要包括草原、农业、林业、消防等。因此，在现代水利工程的生态设计中，设计人员必须认真分析生态目标对水源提出的要求及水源规律，并正确计算水文过程，以确保设计的水利工程更加实用、科学。同时，对于敏感生态目标的识别也应到位，综合考虑流域的生态敏感点。
2.有机结合环境工程建设
现代水利工程设计应有机结合环境科学与工程的相关理论和技术，确保能同步科学配置水质和水量，特别要有机结合水污染防治工程。水利工程的水量通常会随季节的变化而变化，而在进行生态设计时会存在一些阻力和挑战，需要设计人员因地制宜，找寻合理的设计方案，确保能顺利实施现代水利工程建设。
3.设计生态反馈调节系统
设计生态反馈调节系统时，应根据河流的生态系统来进行，设计人员要分析成熟的河流生态系统，并严格按照生态系统的动态转变要求和可持续发展要求来建设反馈调节系统的主线[2]。同时，要从河流生态系统结构的动态变化量、变化效果等出发，分析其对现代水利工程生态建设内容的影响，实现设计、执行、监测、评估和调节的往复循环，持续提升系统的反馈调节质量、效果，确保现代水利工程建设中能渗透生态理念。
4.选用生态水利工程措施
通过充分利用河流两边的水生植物，如芦苇等，以恢复河岸植被，切实提高水域的净化能力。城市之肺是湿地，可以在湿地种植香蒲等植物，以恢复河岸的湿地本性，充分发挥出生态自净环节中生物的优良作用。对现代水利工程的水环境实现多样性的生态链结构，如通过设计多变的河道纵断面、增减水岸的遮蔽物等方法降低流水速度，以便能更好地为水生生物提供栖息地，因为水生生物在流水速度方面有一定的要求，当生物环境和水环境能自我统一及有效互动，就能促进河流自净的实现。
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